胆汁酸是一大类胆烷酸的总称，在脂肪代谢中起着重要作用。胆汁酸的生理功能可概括为：影响胆汁分泌、促进肠道对脂类物质的吸收并影响肠道功能。胆汁酸作为消化液的成分是由肝合成并随胆汁排入肠内，促进对脂类物质的消化和吸收。主要包括胆酸、鹅去氧胆酸、脱氧胆酸、石胆酸、熊去氧胆酸等及其甘氨酸和牛磺酸结合型。肝分泌到胆汁中的胆汁盐是强有力的乳化剂，胆汁流经小肠上部后，胆汁盐乳化脂肪，助其消化吸收。在乳化成脂肪小滴的脂肪酸和甘油酯被小肠吸收以后，胆汁盐也被重吸收。它们回到肝脏并被再次吸收利用，因此，胆汁盐总在肝和小肠间循环。一旦代谢异常，一方面影响脂类的消化吸收，另一方面胆汁中胆固醇含量相对增高，若常处于饱和状态，极易形成胆固醇结石。
肠道中大量的微生物会对肝肠循环产生影响。主要的影响菌类有乳酸菌、双歧杆菌、肠杆菌、拟杆菌和梭状芽孢杆菌。这些菌通过影响宿主胆汁酸的种类和含量，进而影响个人膳食脂肪和脂溶性维生素的吸收，可促进脂质吸收，保持肠道屏障功能，并能够在一定程度上调节体内甘油三脂、胆固醇、葡萄糖等物质的代谢平衡。
